La commune conserve des traces d’occupation romaine: des pièces de monnaie, une sépulture à Bourgerel, des murs en petite appareil près du château de Cludon, un puits funéraire découvert en 1844 sur les pentes du Menez-Kerespers, empli de poteries et de cendre, et la voie romaine Carhaix-Tréguir.
Sous l’Ancien Régime, la paroisse de Plougonver englobe les territoires de La Chapelle Neuve, de Loc-Envel, et probablement d’une partie de Belle-Isle-en-Terre.
Plougonver est érige en commune en 1790 et en chef-lieu de canton jusqu’en 1802. Le 6 mai 1796, les chouans de la forêt de Coat-an-Noz font une incursion dans la commune et tuent l’agent national.
Aux XVIIIe et XIXe siècles, on exploite des mines de plomb argentifère. La commune reste essentiellement agricole